Tentu saja Indonesia tidak menerima wacana itu. Setelah jalan diplomasi dengan mengerahkan jago-jago perang lidah sekelas Mr. Room dan KH Agus Salim, tidak berhasil, maka kini giliran senjata yang menyalak.
Dan itulah dasar kenapa akhir bung Karno menerbitkan perintah Operasi Militer. Selain itu Indonesia juga akhirnya membatalkan sepihak kesanggupan membayar utang Belanda sebesar 4,3 milyar gulden kepada Sekutu (terbesar kepada Inggris dan Amerika Serikat).
Tahun 1953, bung Karno juga mengeluarkan keputusan nasionalisasi seluruh perusahaan asing milik Belanda dan Amerika dan membentuk Badan Usaha Milik Negara.
Pada saat yang bersamaan, selain Operasi Tri Komando Rakyat, presiden juga membentuk tim operasi yang diberi sandi Operasi Mandala. Mayjen Suharto ditunjuk sebagai panglima berkedudukan di Makasar.
Inti dari operasi Trikora itu adalah;
1. Gagalkan pembentukan Negara Papua (Irian Barat) merdeka
2. Kibarkan merah putih di seluruh Irian Barat
3. Siapkan mobilisasi umum membebaskan Irian Barat.
Kepada panglima Mandala diperintahkan supaya segera membuat perencanaan, menyiapkan dan melaksanakan operasi militer.
Dan itulah yang terjadi. Indonesia menyiapkan 13 ribu tentara dan 7 ribu pasukan terjun dan 4.500 marinir, serta tiga buah kapal torpedo.
Sementara pihak Belanda diketahui menyiapkan 10 ribu pasukan darat dan udara plus 1.400 marinir.
Sejumlah pasukan terjun Indonesia sudah diterjunkan dan menyusup ketengah-tengah belantara dan masyarakat Papua.
Angkatan laut mengerahkan 3 KRI armada kapal torpedo, Macan Tutul, Macan Kumbang dan
Harimau.
